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PyMol前沿信息_pymol更改成直的圆柱体设置(2024年12月实时热点)

内容来源：麦吉窗影视所属栏目：教程更新日期：2024-12-02

PyMol

分子对接服务：小分子与蛋白质结合能计算我们提供专业的分子对接服务，包括小分子与蛋白质的结合能计算，并使用PyMOL进行可视化呈现。以下是我们的服务内容：整体图和局部图的可视化呈现：我们将为您展示小分子与蛋白质结合后的整体和局部图像，帮助您更直观地了解结合情况。结合能计算：我们还可以为您计算小分子与蛋白质的结合能，提供更精确的数值结果。价格优惠：一个蛋白加一个化合物的结合能计算服务仅需8元，而整体图和局部图的可视化呈现服务也仅需7元。通过这些服务，您可以更好地理解分子对接的过程和结果，为后续的科研工作提供有力支持。

网络药理学研究流程全解析很多同学在做网络药理学研究时感到无从下手，其实只要掌握基本的研究流程和使用相应的软件，就能轻松搞定。以下是详细的步骤和使用的数据库：获取药物有效成分 𐟌🊠 利用TCMSP数据库获取药物的有效成分。预测有效成分靶点 𐟎 通过PubChem数据库和SwissTarget Prediction预测有效成分的靶点。获取疾病靶点 𐟏加利用Genecards数据库和OMIM数据库获取与疾病相关的靶点。绘制交集基因图 𐟓Š 使用venn图绘制药物、成分、靶点和疾病的交集基因。构建药物-成分-靶点-疾病网络 𐟌 利用Cytoscape软件构建药物、成分、靶点和疾病的网络。 PPI网络分析 𐟤 通过STRING数据库和Cytoscape软件进行PPI网络分析。 GO和KEGG富集分析 𐟓ˆ 使用DAVID数据库和微生信网站进行GO和KEGG富集分析。分子对接 𐟔슠 利用Autodock、Pymol和Openbabel等软件进行分子对接。最后，给大家整理了一些网络药理学的资料，供大家参考。

Pymol绘制小分子结合口袋的三大技巧 𐟎蠦Š€巧一：使用Action-present-ligand sites-cartoon 通过这个操作，你可以以“卡通”形式展示蛋白质结构，重点突出配体结合位点。带状结构清晰呈现蛋白质的二级结构，让你更直观地理解蛋白质的结构特征。 𐟌 技巧二：应用Show-Surface 这个设置展示了蛋白质的表面，帮助你更直观地理解蛋白质的三维形态。通过显示配体在表面的结合情况，你可以更好地理解配体与蛋白质的相互作用。 𐟔 技巧三：隐藏带状结构和线条通过Action-present-ligand sites-solid surface, Hide-ribbon&lines设置，你可以隐藏带状结构和线条，仅展示结合位点的实体表面。这样，结合位点的具体表面特征及其与配体的相互作用会被更清晰地强调出来。

科研新手必备：生物信息学工具指南 𐟔 数据库 NCBI (National Center for Biotechnology Information)：提供GenBank、PubMed、BLAST等生物信息学相关数据库。 Ensembl：包含人类和其他生物的基因组数据。 UniProt：蛋白质序列和功能信息的数据库。 𐟓š 文献和资源 PubMed：生物医学文献数据库。 Google Scholar：学术文章搜索引擎。 BioRxiv：生命科学领域的预印本服务器。 𐟔砥Ÿ𚥛 组和序列分析工具 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)：用于比较生物序列的相似性。 Bowtie/BWA：快速比对短序列数据。 GATK (Genome Analysis Toolkit)：用于变异检测和基因组分析。 𐟌 蛋白质结构预测和分析 PyMOL：强大的分子可视化工具。 AlphaFold：谷歌DeepMind开发的蛋白质结构预测工具。 SWISS-MODEL：用于同源建模的在线工具。

AutoDock安装使用，一文搞定！经过几周的努力，我终于成功安装并运行了AutoDock⮣€‚以下是我根据自己的经验总结的详细步骤，供大家参考。 𐟓– 第一步：准备小分子和大分子的PDB文件小分子配体的准备：使用ChemDraw画出小分子结构，保存为mol格式。用Chem3D打开mol格式文件，另存为pdb格式。大分子受体的准备：从RCSB网站下载所需蛋白的PDB文件。用PyMOL打开蛋白受体，执行以下命令： removesolvent（去除溶剂） remove organic（去除小分子） 𐟓š 第二步：准备小分子和大分子的PDBQT文件大分子的PDBQT文件准备：打开大分子：File-Read molecule，选择准备好的蛋白pdb文件。加氢：Edit-Hydrogens-Add，给受体蛋白加上氢原子。计算电荷：Edit-Charges-Compute Gasteiger，将所有电荷调整为整数。设定原子类型：Edit-Atoms-Assign AD4 type。输出pdbqt文件：File-Save-Write pdbqt，记得手动加上pdbqt后缀名。希望这些步骤能帮助你顺利安装和运行AutoDock⮯𜁀

科研必备：Pymol配色指南第三期 𐟎蠐ymol配色第三期 𐟎蠩✨‰𒤻㧠已在图中展示 𐟎蠤𝿧”視𙦳•：color 0x62A3DB, selection 𐟎蠥🫦娯•试吧！

𐟧쥈†子对接全教程𐟔 𐟒᥅婗訯𞧨‹：探索pymol与蛋白-配体对接 𐟧쥰分子与蛋白预处理：了解如何准备对接所需的数据。 𐟔—常规对接流程：掌握基本的对接步骤，从预处理到结果分析。 𐟌复合体构相处理：学习如何优化和调整复合体的结构。 𐟓Š对接结果分析：解读对接结果，洞察分子间的相互作用。 𐟒ᨿ›阶课程：拓展对接技能 𐟤蛋白-蛋白对接：探索不同蛋白质之间的相互作用。 𐟌🩇‘属酶蛋白-配体对接：了解金属酶与配体的特殊对接方式。 𐟍쨛‹白-多糖对接：研究蛋白质与多糖的复杂相互作用。 𐟧즠𘩅𘭥𐏥ˆ†子对接：揭示核酸与小分子的结合机制。 𐟔„柔性对接与共价对接：探索更复杂的对接方法。 𐟒ᩙ„加课程：分子动力学模拟 𐟒𛌩nux系统与gromacs使用：学习如何在Linux系统上运行gromacs模拟。 𐟌Š溶剂化分子动力学模拟：研究溶剂对分子动力学模拟的影响。 𐟒稛‹白-配体分子动力学模拟：洞察蛋白质与配体在溶液中的动态行为。 𐟎‰所有课程均包含视频、课件以及相关软件的安装包，助你全面掌握分子对接技术！✨

可视化比拼！谁更强？ 1️⃣ pyMOL：这款软件堪称经典，广泛使用且教程丰富。官网上可直接下载，享有30天试用期，但导出图片会有水印。推荐使用原版，体验更佳。 2️⃣ Discovery Studio：不仅具备强大的可视化功能，还提供分子对接、建模和虚拟筛选等多种功能。 3️⃣ Chimera X：这款软件相对冷门，但图像质感极佳，操作简便，色彩和模式选择多样。 4️⃣ Chimera 1.16：多功能可视化软件，常用于alphafold置信度可视化等任务。 ✅ 想要获取pyMOL原版和Discovery Studio的详细信息，请继续关注。 ✅ Chimera X和Chimera 1.16均可从官网直接下载。

Pymol配体突变位点分析全攻略在Pymol中进行配体周围的突变分析，主要分为以下步骤：找出配体周围的氨基酸 𐟧슥ˆ†析氨基酸之间的相互作用 𐟔— 对氨基酸的化学性质进行分类 𐟓Š ✨✨ 之前已经分享了前两步的实现方法，现在我们来详细讲解第三步：在之前的脚本基础上，加入图3中的函数。在命令行中输入risicolor，即可实现氨基酸化学性质的分类。（具体分类见图2）通过这些步骤，你可以更深入地了解配体周围的突变情况，为后续的研究提供有力支持。

Pymol定点突变，轻松搞定！嘿，大家好！今天我要和你们分享一个超级实用的小技巧——如何在Pymol中进行定点突变。相信我，这个小技巧在科研工作中可是非常常见的哦！𐟘Ž 第一步：加载蛋白质结构首先，我们需要加载我们想要操作的蛋白质结构。比如说，我们以1HVR为例。在Pymol中输入以下命令： fetch 1HVR 这会打开对应的PDB文件。第二步：选择需要突变的氨基酸接下来，我们要选择需要突变的氨基酸。例如，我们想将A链上的第50号氨基酸替换为丙氨酸。具体步骤如下：在Pymol中选择Displ→ene→50号氨基酸。点击50号氨基酸，然后选择Mutagenesis Wizard。第三步：进行突变现在，我们正式开始突变操作：在Mutagenesis Wizard中选择Protein。再次点击50号氨基酸，然后在右下角的Mutagenesis栏中选择ALA（丙氨酸）。点击应用，确认突变并保存结果。第四步：保存结果突变完成后，记得保存结果为PDB文件。这样我们就可以在其他软件中使用这个突变后的结构了。小贴士如果你在操作过程中遇到任何问题，不妨多看看Pymol的帮助文档或者在网上搜索一些相关的教程。相信你一定能很快掌握这个小技巧的！𐟒ꊊ好了，今天的分享就到这里啦！希望这个小教程对你们有所帮助。如果有任何问题，欢迎在评论区留言哦！𐟘Š

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