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chip实验权威发布_chip实验是什么意思(2024年12月精准访谈)

内容来源：麦吉窗影视所属栏目：观点更新日期：2024-12-01

chip实验

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ChIP-Seq/qPCR实验方法步骤关于ChIP实验，如有相关科研问题，欢迎来询探讨。 #科研#⠂ #实验外包#⠂ ⠣chip#⠂ ⠣研究生#⠂ ⠣qpcr#

circRNA如何调控LIG1转录表达？数据库分析筛选：通过FISH和核-细胞质RNA分离实验发现，circRNA主要分布在细胞核中。利用数据库（circAtlas2.0 database， ENCORI database; SPP database）分析发现，circRNA与LIG1启动子的结合蛋白有显著重叠，其中FOXA1是最显著的蛋白。进一步预测与FOXA1共同作用的蛋白，发现TET1与FOXA1结合。调控互作复合体验证：在GEM耐药株中，CoIP验证FOXA1和TET1相互作用；进一步沉默FOXA1和TET1后，LIG1表达降低，证实在耐药株中FOXA1/TET1复合体协同调控LIG1表达。进一步通过ChIRP和RIP实验证实circRNA能够与FOXA1和TET1蛋白结合。调控复合体功能：ChIP试验证实FOXA1和TET1结合在LIG1启动子的甲基化修饰区域，而circRNA的抑制降低了这种结合能力。MS-PCR实验显示，沉默circRNA或TET1增加了LIG1启动子的DNA甲基化水平，而过表达则相反。这些表明circRNA通过影响LIG1启动子甲基化水平，进而影响FOXA1/TET1复合体靶向结合LIG1启动子的能力。荧光素酶报告基因实验表明，沉默circRNA、FOXA1或TET1降低了LIG1启动子的转录活性，而过表达则增强了其转录活性。这些实验进一步表明circRNA/FOXA1/TET1对LIG1的促转录调控功能。结论：circRNA通过结合FOXA1和TET1增强了LIG1的转录。 #chip实验#⠂ #coip#⠂ #科研#⠣研究生#

YAP-TEAD的乳酸化促进Hippo通路靶基因表达第一步，YAP-TEAD的乳酸化促进Hippo通路靶基因的表达质核分离分析显示，乳酸强烈促进WT YAP的核定位，但不促进其K90R突变体的核定位，表明乳酸诱导的YAP激活需要K90乳酸化（图1e）。Co-IP实验发现乳酸增强TEAD1与WT YAP的相互作用，而不是其K90R突变体（图1f）。此外，乳酸增加了过表达WT YAP的细胞中CTGF和CYR61的mRNA水平，但过表达YAP K90R突变体的影响较小（图1g）。ChIP实验显示，乳酸处理增强了WT TEAD1在CTGF和CYR61启动子上的占据，而不是其K108R突变体（图1h）。表明细胞内乳酸促进了YAP-TEAD1的乳酸化水平和转录活性。第二步，YAP-TEAD1的乳酸化和泛素化之间的相互作用核质分离实验显示，大部分乳酸化的YAP和TEAD1定位在细胞核内，而s127磷酸化的YAP或泛素化的YAP和TEAD1主要分布在细胞质内（图1i-j）。乳酸处理降低了YAP-TEAD1的泛素化水平（图1k），促进了AARS1的核定位及其与YAP-TEAD的相互作用。此外，WT AARS1促进了YAP-TEAD1的乳酸化，但LS突变体没有（图1l）。表明YAP的乳酸化破坏了其易位进入细胞质后进行的泛素化。全文：【《JCI》解读：肿瘤乳酸化修饰与泛素化修饰对抗！丙烯酰tRNA合成酶AARS1乳酸化修饰YAP复合体促进信号传导】。如有相关科研问题，欢迎留言探讨。 #科研#⠂ #coip实验#⠂ #chip实验#⠂ #乳酸化#

Mi-2悤𝕥𝱥“黑色素Liu的免疫反应？为了确定Mi-2悤𝕥𝱥“黑色素瘤的免疫反应？进行微阵列分析。富集分析发现，Mi-2•𒩙䥐Ž，IFN-🡥𗩀š路被激活（图1a），IFN-𚔧픥Ÿ𚥛 和抗原呈递基因上调（图1b）。IFN-œ襅疫治疗应答中起关键作用。Mi-2𒉩𛘥’Œ抗PD-1治疗后Cxcl9和Cxcl10上调（图1c-e）。研究表明Mi-2›†于基因组转录起始位点，在转录抑制中起重要作用。为了研究Mi-2Š‘制IFN-🡥𗧚„分子机制，进行ATAC-seq（染色质可及性），发现基因座内ATAC-seq峰的变化与IFN-🡥𗧛𘥅𓯼ˆ图1f）。随后，ChIP分析结果显示Mi-2𘎃xcl9和Cxcl10的启动子结合（图1g）。表明，Mi-2š„缺失重塑染色质的可及性，促进导致其转录激活的ISG调控区域的暴露。全文分享可查阅：【《Nat Commun》解读：从药靶发现到药物研究看这一篇就够了！Mi-2€š过激活EZH2甲基化促进黑色素瘤免疫逃逸】。如有相关科研问题，欢迎留言探讨。 #科研#⠣研究生#⠂ #chip实验#⠂ #文献阅读#

从零开始：ChIP实验的详细指南（上） 𐟔 ChIP实验的原理和应用在活细胞中，蛋白质和DNA的结合是动态的。为了固定这种结合状态，我们使用甲醛来交联蛋白质和DNA。通过超声或酶切将染色质打断成小片段，然后用抗体特异性识别目标蛋白结合的DNA片段，最后对DNA片段进行纯化和检测（如qPCR、基因芯片、高通量测序等）。 ChIP实验广泛应用于研究转录因子与DNA的结合动态，以及组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。 𐟌 细胞固定内源状态下，蛋白质和DNA的结合是动态的，因此需要进行固定以捕获特定状态下的结合情况。最常用的固定试剂是甲醛。甲醛是一种小分子，能够穿透细胞膜和核膜，通过醛基将DNA和蛋白质交联在一起。甲醛交联是可逆的，通过加热可以解除交联，从而方便后续的DNA分析。但是，甲醛交联反应需要一定的时间，作用距离小于2ㅯ𜌥﹨›‹白表位也会有影响。过长时间和过短时间的交联都不利于实验。因此，甲醛交联是ChIP实验的关键步骤。 𐟒ᠧ”𒩆›交联的小贴士细胞生长状态会影响基因表达网络，可能会影响所研究的TF与promoter的结合。因此，细胞长到75%-85%时最好，所需的细胞量为1～2X 107左右。在甲醛交联之前，细胞应尽可能少被人为处理。如果条件允许，直接将甲醛加入培养基中进行交联更好。务必使用有效期以内、正确避光保存的分析或分子生物学级别的甲醛。固定条件通常为室温（不要高于25℃）固定10-15 min。当DNA和靶点结合较弱时，可适当延长交联时间。进行预实验优化交联时间和温度。交联时间过长或温度过高会显著降低染色质超声破碎效率，且可能遮蔽ChIP抗体识别的表位。交联不足可能导致蛋白质和DNA解离。组织交联相比细胞更复杂，大的组织块交联之前切成1-3 mm3大小，建议在真空条件下交联，促进甲醛透过细胞，交联时间可延长至15 min。 𐟌쯸 细胞核抽提及裂解由于蛋白和DNA相互作用主要发生在细胞核内，因此去除胞浆蛋白可以减少背景信号并提高灵敏度。同时，分离的细胞核直接悬浮在剧烈的裂解缓冲液中，更有利于打开细胞核释放染色质。

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chip实验h3对照 𐟧ꠥꌦ料主要试剂染色质免疫沉淀(CHIP)试剂盒 Anti-RNA polymerase II RPB1 抗体 Rabbit Control IgG Hieff⮠qPCR SYBR Green Master Mix(Low Rox Plus) 主要器材化学发光成像系统四维旋转混合仪荧光定量PCR仪智能恒温水浴锅细胞超声破碎仪电泳仪电源高速冷冻离心机 𐟔젥ꌦ�ꤊ细胞交联用1ml PBS重悬细胞加入28ul 37%甲醛（终浓度为1%），室温翻转孵育10分钟加入10㗧”˜氨酸至终浓度为1㗯𜌥𘩧🻨𝬥�‚𒵥ˆ†钟，终止交联 4℃，3000g，离心3分钟；弃上清液用1ml预冷的1X PBS重悬细胞，3000g，4℃，5分钟离心，去上清重复步骤e，沉淀可冻存于-80℃ 胞核制备和染色质碎裂用200ul Membrane Extraction Buffer（使用前加入2ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂）重悬细胞；冰上静置10分钟 4℃，3000g，离心3分钟；弃上清液用200ul MNase Digestion Buffer（使用前加入0.2ul DTT）重悬细胞核加入0.2ul MNase，吹打混匀；37℃水浴30分钟，期间每5分钟混匀一次加入20 MNase Stop Solution，混匀后冰上放置5分钟 4℃，9000g，离心5分钟；弃上清液用100 of 1X IP Dilution Buffer（使用前加入1ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂）重悬沉淀冰上超声打断5次，每次2分钟 4℃，9000g离心5分钟；转移上清到新的EP管中 𐟓 下期继续，敬请期待！

50本细胞生物学与分子生物学电子书推荐 𐟓š 《分子生物学实验技术》 𐟓š 《蛋白质实验技术手册》 𐟓š 《细胞培养技术手册（动物细胞篇）》 𐟓š 《植物细胞及组织培养手册》 𐟓š 《IP、CO-IP、ChIP与RIP》 𐟓š 《重组蛋白纯化手册》 𐟓š 《常用哺乳动物细胞系汇编》 𐟓š 《常用细胞系汇编（鱼类、植物、昆虫及微生物）》 𐟓š 《TB实验技术手册》 𐟓š 《常用质粒汇编》 𐟓š 《分子实验之蛋白-蛋白互作》 𐟓š 《分子实验之RNA-蛋白互作》 𐟓š 《分子实验之DNA-蛋白互作》 𐟓š 《分子实验之核酸-核酸互作》 𐟓š 《RNA研学指南（基础篇）》 𐟓š 《常见克隆载体汇编》 𐟓š 《常见大肠杆菌表达载体汇总》 𐟓š 《常见酵母表达载体汇编》 𐟓š 《常见酵母杂交载体汇总》 𐟓š 《TB实验一本通》 𐟓š 《细胞增殖实验》 𐟓š 《免疫荧光(IF)》 𐟓š 《系统讲解外泌体的提取与纯化》 𐟓š 《聚焦中草药源植物外泌体的提取与鉴定》 𐟓š 《基础细胞实验全流程指导》 𐟓š 《转录因子研究手册》 𐟓š 原核蛋白表达、分离与纯化技术手册（上） 𐟓š 原核蛋白表达、分离与纯化技术手册（下） 𐟓š 《RNA-蛋白互作手册》 𐟓š 《常见信号通路汇总详析（上册）》 𐟓š 《常见信号通路汇总详析（下册）》 𐟓š 《双荧光素酶实验手册》 𐟓š 《细胞转染技术汇编》 𐟓š BIFC一本通 𐟓š 荧光素酶蛋白互补实验（LCA）一本通 𐟓š 《生物行业求职宝典1：行业介绍》 𐟓š 《生物行业求职宝典5：体外诊断试剂公司TOP50》这些书籍涵盖了细胞生物学和分子生物学的多个方面，从基础实验技术到高级研究方法，适合不同层次的科研人员和学生。

CHIP实验全解析，轻松搞定！ 𐟔젥ꌥŽŸ理 ChIP（染色质免疫沉淀）实验的原理是在细胞生理状态下，将DNA与蛋白质交联，然后通过超声或酶处理将其随机切断成一定长度的染色质小片段。利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白结合的DNA片段沉淀下来，再通过特异性富集、纯化和检测这些片段，从而获取蛋白质与DNA相互作用的信息。 𐟓Š 适用范围研究目的蛋白与已知靶序列间的相互作用；研究目的蛋白与整个基因组未知序列的相互作用；研究一个目的蛋白与DNA的相互作用；研究两个蛋白与DNA共同结合的相互作用；研究启动子区域的组蛋白修饰；研究结合在DNA序列上的蛋白复合物。 𐟌Ÿ 实验优势能够检测启动子DNA与其天然基因组状态下的转录因子间的相互作用；能够检测组蛋白编码（如组蛋白乙酰化、三甲基化等）和离散染色质区域的转录因子翻译后修饰；最大限度地减少制备和沉淀过程中染色质重排的机会；基因特异性引物可用于后续PCR检测，增加特异性。 𐟓ˆ 实验流程完成染色质免疫沉淀后，可以对纯化的染色质及有关蛋白、组蛋白、转录因子和辅因子进行多种下游分析。最常见的分析方法有ChIP-qPCR和ChIP-seq等。CHIP实验技术流程图见图2。 𐟒ᠤ𛣥š服务我们提供CHIP-seq和CHIP-qPCR实验的代做服务，免费实验设计，全程博士解答，最终交付结果图和实验报告。欢迎随时咨询！

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