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jaspar权威发布_jaspar预测转录因子与基因的结合位点(2024年12月精准访谈)

内容来源：麦吉窗影视所属栏目：观点更新日期：2024-12-02

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如何快速入门生物信息学分析❓ 𐟤”想要快速入门生物信息学分析？其实并不难！生物信息学分析就是对测序数据或者公共数据库的数据进行挖掘，找到与疾病相关的基因、蛋白或者信号通路等，为课题研究提供方向，也可以发表SCI文章。首先，生物信息学分析主要分为两部分：数据库学习和软件编程。 1️⃣ 数据库学习学习如何使用现有的生物信息学可视化网站进行预测检索或者一站式出图。常见的数据库包括GEPIA、Cbioportal、Oncomine、KM-plotter和Timer等。另一方面，学会如何在生信分析网站上下载基因测序数据、临床患者资料和预测分析结果，再用软件或者编程语言进行二次分析。常见的数据库包括GEO、TGCA、ArrayExpress、JASPAR和StarBase等。 2️⃣ 软件和编程学习软件方面，主要学习Cytoscape和GSEA这两个软件。编程方面，可以选择R语言、Perl、Python、JAVA和Linux等。不过，对于医学生来说，学习R语言就够用了。 3️⃣ R语言学习要解决五大难题了解基本的R语言语法规则；学会用R语言进行可视化作图；学会用R语言进行统计分析；学会用R语言进行数据清洗；学会用R语言解决生物信息学中的具体问题，比如免疫浸润的相关分析，基因组中常见的TMB该怎么计算等。其次，选择最有效的生物信息学学习路径。任何学习路径都有相似之处，都遵循学习-模仿-交流-创新四步走。第一步：阅读生物信息学相关的文献，了解基本分析套路和宏观逻辑框架。第二步：按照从易到难的原则，对生信文章进行复现分析，不求完整复现，但求能一步步按正确的方法操作下来。第三步：操作过程中肯定会遇到很多问题，这时候就要发挥网络平台和社群的力量了。第四步：根据最新的研究热点，结合现有的模块逻辑和科研热点，进行新的迁移应用分析。比如最近的新冠疫情，不同场景的再应用，也催生了不少相关的生信文章。还有多组学分析、泛癌分析、m6A甲基化分析、可变剪切、SNP分析等等。说了这么多，相信大家也有了一定的了解。这里整理了一些绘图的生物信息学作图代码，分享给大家，赶紧拿去学习吧！

如何在短时间内快速入门生信分析？很多人对生信分析感到迷茫，其实生信分析就是对测序数据或公共数据库的数据进行分析挖掘，找到与疾病相关的基因、蛋白或信号通路等，为课题研究方向提供参考，甚至可以发表生信类SCI文章。首先，生信分析主要分为两部分：数据库学习和软件编程。 1️⃣ 数据库学习学习如何使用现有的生信可视化网站进行预测检索或一站式出图。常见的数据库包括GEPIA、Cbioportal、Oncomine、KM-plotter和Timer等。学会如何在生信分析网站上下载基因测序数据、临床患者资料和预测分析结果，再用软件或编程语言进行二次分析。常见的数据库包括GEO、TGCA、ArrayExpress、JASPAR和StarBase等。 2️⃣ 软件和编程软件部分主要学习Cytoscape和GSEA这两个软件。编程部分可以选择R语言、Perl、Python、JAVA和Linux等。对于医学生来说，学习R语言就够用了。 3️⃣ R语言学习要解决五大难题了解基本的R语言语法规则；学会用R语言进行可视化作图；学会用R语言进行统计分析；学会用R语言进行数据清洗；学会用R语言解决生信中的具体问题，比如免疫浸润的相关分析，基因组中常见的TMB该怎么计算等。其次，选择最有效的生信学习路径。任何学习路径都有其相似之处，都遵循学习-模仿-交流-创新四步走。第一步：阅读生信相关文献，了解生信的基本分析套路和宏观逻辑框架。第二步：按照从易到难的原则，对生信文章进行复现分析，不求完整复现，但求能一步步按正确的方法操作下来。第三步：操作过程中肯定遇到很多bug或者自己不理解的地方，这时候就要发挥网络平台和社群的力量了。第四步：根据最新的研究热点，结合现有的模块逻辑和科研热点，进行新的迁移应用分析。比如最近的新冠疫情，不同场景的再应用，也催生了不少相关的生信文章。还有多组学分析、泛癌分析、m6A甲基化分析、可变剪切、SNP分析等等。说了这么多，相信大家也有了一定的了解。这里整理了一些绘图的生信作图代码，分享给大家，白嫖拿去学习！

生信分析快速入门指南：从零到发表SCI 生信分析就是对测序数据或者公共数据库的数据进行分析挖掘，找到和疾病相关的基因、蛋白或者信号通路等等。这个过程可以为课题研究方向提供线索，甚至可以发表生信类的SCI文章。一、生信分析的核心：数据库和软件编程 𐟓ˆ𐟒𛊥�𙠦•𐦍“ 生信分析离不开数据库的支持。首先，要学会如何使用现有的生信可视化网站，进行预测检索或者一站式出图。常见的数据库包括GEPIA、Cbioportal、Oncomine、KM-plotter和Timer等。其次，要学会如何在生信分析网站上下载基因的测序数据、临床患者资料和预测分析的结果，再用软件或者编程语言进行二次分析。常见的数据库包括GEO、TGCA、ArrayExpress、JASPAR和StarBase等。软件和编程软件和编程是生信分析的另一大块。对于医学生来说，学习R语言就够用了。R语言的学习需要解决以下几个难题：了解基本的R语言语法规则学会用R语言进行可视化作图掌握R语言的统计分析方法学会用R语言进行数据清洗解决生信中的具体问题，比如免疫浸润的相关分析，基因组中常见的TMB该怎么计算等。无痛生信SCI 如果你不想学R语言又想发生信，可以考虑学习Cytoscape和GSEA这两个软件。这两个软件可以帮助你快速上手生信分析，发表SCI文章。总结生信分析是一个需要不断学习和实践的过程。通过掌握数据库和软件编程，你可以从零开始，逐步掌握生信分析的技巧，最终发表自己的研究成果。加油！𐟒ꀀ

生信学习指南：从零开始到高手之路 𐟚€ 在上一篇文章中，我们聊了聊生信到底在研究什么。今天，我们来聊聊如何实际操作生信，包括数据从哪里来，怎么操作数据等问题。一：学习数据库 𐟓Š 首先，你得学会如何利用现有的生信可视化网站进行预测和检索。常见的数据库有GEPIA、Cbioportal、Oncomine、KM-plotter和Timer等。这些网站可以帮你快速找到你需要的数据。另外，你还需要学会如何在生信分析网站上下载基因测序数据、临床患者资料和预测分析结果，然后用软件或编程语言进行二次分析。常见的数据库有GEO、TGCA、ArrayExpress、JASPAR和StarBase等。二：学习软件和编程 𐟒𛊊软件方面，主要推荐学习Cytoscape和GSEA这两个神器。Cytoscape是绘制互作网络的利器，特别是它的MCODE和cytoHubba包，简直是生信必备技能。而GSEA软件则可以进行GSEA分析，不过如果你R语言编程够溜，用R语言也能搞定。编程方面，R语言是医学生的首选。它简单易学，网上教程多，特别是有很多关于生信研究的R包可以直接用。拿到基因的表达矩阵和临床统计结果后，用R语言妥妥可以解决。如果你有追求，而且实验室有服务器，可以额外学一下Linux。Linux可以解决测序之后从上游原始数据进行分析的难题。三：如何选择最有效的生信学习路径？ 𐟛䯸了解学习首先，你得了解生信是什么，怎么用，哪些对你有用，你想学习哪些生信技能，预计多长时间。通过阅读生信相关的文献，了解生信的基本分析套路和宏观逻辑框架，学习相关的生信文章复现，再按图索骥，根据文章内容学习自己不会的生信分析。模仿复现根据已有的教程，按照从易到难，对生信文章进行复现分析。记住你想学习生信的动机：解决眼前问题！交流修正操作过程中肯定会遇到很多报错或者自己不理解的地方，这时候绝不要自己闭门造车！这时候就要发挥网络平台和社群的力量了。创新根据最新的研究热点，依据现有的模块逻辑和科研热点，进行新的迁移应用分析。能圆成一个完整的故事即可。希望这些建议能帮到你，祝你早日成为生信高手！𐟚€

【藝蹤尋探｜生命淬鍊出的一片藍天】　長達七十年的創作生涯中，布爾喬亞運用裝置、雕塑、素描、油彩等多元媒材，持續探索男性／女性、被動／主動、具象／抽象、意識／潛意識等二元對立中隱藏的張力與關係性，並透過無與倫比的造形力，讓這些對立的概念巧妙地共存於其創作當中。她的藝術靈感主要受到複雜的、有時甚至是創傷的童年經歷啟發，她將被喚醒的記憶或情感昇華為作品普遍的主題，細膩入微地表達衝突的感受和心理狀態，例如希望與恐懼、焦慮與平靜、內疚與救贖、緊張與釋放。（撰文／吳曉芳，節選自《藝術家》594期，2024年11月號）圖說：露易絲．布爾喬亞　歇斯底里之弧　1993　紐約伊斯頓基金會藏　於「露易絲．布爾喬亞展：我剛從地獄回來。讓我告訴你，那真是太棒了」展場一景（攝影：長谷川健太）⩔he Easton Foundation / Licensed by JASPAR, Tokyo, and VAGA at Artists Rights Society (ARS), New York, 2024 「露易絲_布爾喬亞」「Louise_Bourgeois」「東京森美術館」「Mori_Art_Museum」「藝術家雜誌」「ArtistMagazine」 ——————————————— 《藝術家》十一月號594期選購這邊請～～～ ➡️藝術家官方網站│网页链接 ➡️長期訂閱│网页链接 ➡️金石堂│网页链接 ➡️博客來│网页链接 ➡️誠品線上│网页链接 ➡️三民網路書店│网页链接 ➡️TAAZE讀冊生活│网页链接 ➡️pchome24h購物書店│网页链接

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