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分子生物学软件SnapGene 8.0新功能发布与大量问题修正的重大更新
如何设计qPCR引物:实用指南 大家好!今天我们来聊聊如何设计qPCR(定量PCR)的引物。其实,qPCR的引物设计和普通PCR差别不大,都可以用NCBI来方便地设计。不过,由于qPCR鉴定的是mRNA的表达,所以在设计引物时需要特别注意以下几点: 第一步:打开NCBI 首先,打开NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站,搜索你需要的基因(例如Lepr)。 第二步:找到基因卡片 点开基因卡片,找到最下方的mRNA和Protein描述。根据你的需求选择合适的Isoform,然后复制NM码。 第三步:进入引物设计页面 在NCBI的引物设计(Primer design)栏目输入刚才复制的NM码。我个人更喜欢下载cDNA文件,然后用SnapGene手动拉取引物,这样可以直接看到cDNA序列,更加直观。 第四步:确认引物CG值 在SnapGene中确认引物的CG值(大约50%),Tm值在60度左右。可以多设计几对引物,以防有些引子不工作。 希望这些小技巧能帮到大家,祝科研顺利!ꀀ
载体构建攻略犰젨𝓦建全流程 目的基因的扩增 首先,从NCBI上找到目的基因的核苷酸序列,利用Snapgene设计引物。通常在序列的前后各选20-25bp作为上下游引物。先用普通MIX进行退火温度优化,然后使用高保真酶(如诺维赞的2X Phanta⮠Max Master Mix)进行50uL体系的扩增。若需要高浓度,可扩增两管。 连接 连接目的基因与载体可选择T4连接酶,需在目的基因两端设计酶切位点和保护碱基(注意这些位点不能出现在片段内,以免片段被内部切开)。也可选择无缝克隆方式,利用同源重组原理,在引物5'端加入载体的同源臂,引物顺序为同源臂+酶切位点+基因引物。我个人偏爱这种方式,省时方便。本次使用的是诺维赞的ClonExpress⮠II One Step Cloning Kit连接酶,9个片段一次性连接成功。20uL的连接体系在37℃作用30 min,取10 uL用于转化。 目的基因与载体的比例 本次使用的载体是PcDNA3.1(5500bp),基本50ng的载体就足够了。ClonExpress⮠II One Step Cloning Kit试剂盒推荐的载体和片段的摩尔比为1:2,例如片段500bp,浓度5ng/uL,载体5000bp,浓度25ng/uL。则片段摩尔数是载体的2倍,片段需要2㗵=10ng,即2uL。 转化 取10 uL连接产物转化DH5a。 阳性克隆的筛选 在1.5mL的EP管中加入800 uL的氨苄LB,用10uL的枪头把单个菌落全部占走,打入EP管中,震荡培养4h。一般选择8个克隆。4h后进行菌液PCR鉴定阳性克隆,选择2个送测序。 注意事项 移码问题:选择酶切位点时注意是否会引起目的基因的移码,可用Snapgene模拟。 感受态:购买的商品化感受态可一支当两用,否则太浓不好挑选。自制的感受态在使用前需设置阳性对照,排除感受态质量问题。 终止密码子和起始密码子:用于蛋白表达的目的基因需从ATG开始,以终止密码子结尾。 砦建小贴士 退火温度优化:对于高保真酶,退火温度至关重要,可通过梯度PCR找到最佳温度。 引物设计:选择合适的引物长度和位置,确保扩增效率和特异性。 连接效率:优化连接体系,确保目的基因与载体的高效连接。 筛选策略:通过多个克隆的筛选,提高阳性克隆的比例。 通过以上步骤,你可以顺利构建出含有目的基因的载体,为后续实验打下坚实基础。
찟窠物理实验的常用仪器与软件一览 在基础物理实验室中,有许多常用的实验仪器和软件,帮助科学家们进行各种实验。以下是一些常见的实验方法和仪器: 基因鉴定:包括DNA提取、PCR体系、电泳技术等,用于研究基因敲除鼠、基因敲入鼠和点突变鼠等。 石蜡切片/冰冻切片:通过HE染色、免疫荧光和免疫组化等技术,观察细胞和组织结构。 qPCR:包括引物设计、RNA提取、逆转录和qPCR体系配置,用于定量分析基因表达。 Western blot (WB):从组织样本中提取蛋白质,通过制胶、电泳、转膜、孵抗体和曝光等步骤,检测蛋白质表达。 Elisa:用于微量蛋白或物质的定量分析。 细胞实验:包括细胞复苏、培养、传代、冻存、计数、转染以及细胞增殖/毒性实验、迁移实验、成管实验、免疫荧光染色、流式细胞术、细胞能量代谢实验、细胞周期检测实验和细胞凋亡实验等。 常用仪器:如离心机、涡旋混匀仪、普通显微镜、荧光显微镜、共聚焦显微镜、酶标仪、PCR仪、荧光定量PCR仪、流式细胞仪和海马仪等。 常用软件:包括统计软件如ImageJ、GraphPad Prism和SPSS,文献管理软件如EndNote和Zotero,绘图软件如Draw.io和PS,以及引物设计软件如Primer Premier 5和SnapGene。 通过这些仪器和软件,科学家们可以进行各种物理实验,探索自然界的奥秘。
研究生必备生物学软件推荐,暑假不荒废! 嘿,研0的同学们,大家好!我是科研小白 首先,恭喜大家成功上岸!为了庆祝这个重要的时刻,我特意整理了一些生物学常用的软件,希望大家能在这个暑假好好利用,快乐学习!这些软件都是免费的哦,赶紧下载试试吧! SnapGene 这个软件主要用于基因编辑和序列分析,功能强大,操作简单。 DNAMAN 专门用于DNA序列分析和设计的软件,非常适合科研新手。 Image 专业的图像处理软件,科研实验中图像处理的好帮手。 Origin 数据分析和统计软件,特别适合处理实验数据和绘制图表。 GraphPad 另一款数据分析和统计软件,功能全面,操作便捷。 IBM SPSS 强大的统计分析软件,科研实验中不可或缺的工具。 2019b32Bit 这款软件主要用于生物信息学分析,功能强大。 Prism8 专业的绘图软件,特别适合制作各种科研图表。 Statistics 27 统计软件,特别适合处理复杂的数据分析任务。 X 多功能生物信息学软件,涵盖了多种生物学分析功能。 Adobe Photoshop-Design-Expe 图像处理软件,特别适合处理复杂的图像编辑任务。 2022rt13 这款软件主要用于生物信息学分析,功能全面。 如果研一的时候有人告诉我这些软件就好了,科研之路就已经成功一半了!下面我详细介绍一下这些软件的使用方法和注意事项。希望大家都能在科研路上顺利前行!ꀀ
2024年医学类专业必备电脑配置推荐 2024年,医学类专业对电脑配置的要求越来越高。以下是推荐的一些电脑配置,帮助你选择适合的笔记本电脑: 砃PU:选择性能强劲的CPU,如Intel 13代 I5 /I7或 AMD R5 /R7,可以加快Origin、SnapGene、Prism等软件的运行速度。 𞠥 存:医学专业需要同时打开多个网页、查资料文献,并同步运行多个医学分析软件。建议选择16G以上的大内存,并尽可能选择高频率和双通道内存。 硬盘:医学专业安装的软件较多,建议选择512G或1TB的大容量固态硬盘,并尽可能选择PCI-E类型或NVMe协议的高速固态硬盘。 寸 屏幕:建议选择15.6英寸或16英寸的大屏,分辨率至少达到1080P或2.5K以上。 USB接口:建议选择2个以上USB3.0接口,方便外接U盘、移动硬盘等。 Win系统笔记本是首选。 总的来说,医学类专业对笔记本电脑的要求较高,需要根据实际需求和预算进行选择。以下是一些推荐的选择: 1️⃣ 配置较低的笔记本电脑:虽然价格较便宜,但在性能方面可能会有所牺牲。如果只需要进行一些简单的医学类软件操作,可以考虑选择配置较低的笔记本电脑。 2️⃣ 轻薄本:轻薄本通常比游戏本或工作站更便宜,但在性能方面可能会有所牺牲。如果只需要进行一些简单的医学类软件操作,可以考虑选择轻薄本。 3️⃣ 高性能本:中端推荐6K起,适合打游戏和轻度高性能操作。高性能版本可以设置狂暴模式,显卡直连,并可调节键盘背光。超高性能本7K起,推荐暗影精灵9(黑色)、暗影精灵9 slim(高颜值白色)和暗影精灵9 Plus(黑色)。 选择适合的笔记本电脑,可以更好地满足医学类专业的学习和科研需求。
质粒那些事儿,必看小技巧! 拿到质粒后,首先要确保你拿到的是全序列。最保险的做法是自己测序,至少要把核心区域测了。比如说,一个一万五六千bp的质粒,测个七八千bp的核心区域,也就几百块钱。这样能确保质粒没问题,后面再用也不怕浪费时间和推倒重来。 有个网友做木本植物的基因编辑,稳定转化后拿到了100多个抗性芽,但检测不到靶基因编辑。我第一反应就是质粒有问题。建议他去测个序,结果发现cas9上有单核苷酸突变,很可能导致cas9功能丧失,核酸切割能力下降,最后检测不到基因编辑事件。 还有一个例子是,有个年轻老师在国外做博士后时,实验室集中力量给一个中国博士做课题,想堆大文章。做到后期发现实验结果和假说反着来,总有些地方说不通。最后确定是质粒出了问题,测序发现质粒有突变。结果前面所有跟质粒相关的实验都得推倒重来,项目进度被大大拖延。那个老师当时又要回国,签证都快到期了,真是惨不忍睹。 有些质粒的部分区域没有标出来,可以去NCBI上Blast,总会找到蛛丝马迹,甚至有的会很明确地标出来具体是什么东西。 我最喜欢的画质粒图谱的软件是SnapGene,这个软件的厉害之处用过的人都知道,真的非常方便。 在动手做质粒相关的实验前,一定要学会如何阅读图谱。看关键区域,每一个元件的作用都要轻车熟路才能去做下一步实验。 质粒上的酶切位点,尤其是常用的,都要标出来。有的酶切位点是单个切点,有的有两个甚至多个。 哪怕是构建载体这种小实验,也要事先把每一步在理论上都演练一遍,弄得清清楚楚,这样成功的概率才会高,才会真的节省时间。 构建载体时建议把方案给有经验的人看看,有时候人是当局者迷,旁观者清。没发现问题最好,发现了问题也可以庆幸自己多留了个心眼。
SnapGene:科研全能助手 亲爱的科研伙伴们,今天我要向大家介绍一款让我在科研道路上大放异彩的软件——SnapGene。 죀专业级工具】 SnapGene是一款专为生物科学研究设计的软件,它涵盖了从简单的DNA序列编辑到复杂的基因克隆操作。无论是基因合成、引物设计还是酶切位点分析,SnapGene都能轻松搞定。 【高效可视化】 这款软件的可视化功能非常强大,可以直观地查看和编辑DNA序列,让复杂的生物学问题变得简单易懂。这对于我们理解基因结构和功能至关重要。 【无缝集成】 SnapGene能够与其他生物信息学软件无缝集成,这意味着我们可以在一个统一的平台上完成从序列设计到实验结果分析的全部工作。 【丰富的学习资源】 对于新手来说,SnapGene提供了详尽的教程和文档,帮助用户快速掌握软件的使用技巧。而且,它的用户社区也非常活跃,可以找到很多实用的建议和解决方案。 跨平台支持】 无论你使用的是Windows、Mac还是Linux系统,SnapGene都能提供一致的用户体验,让我们可以在任何设备上进行科研工作。 【加速科研进程】 使用SnapGene,实验设计和数据分析效率都会有显著提升,可节省了大量时间,让你更专注于科研创新。
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