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或者通过命令来实现,这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。在介绍之前,先简单介绍一下这个软件,虽然前面我们简单的使用,但没有过多介绍,这里就简单介绍一下,具体细节上的东西,需要1个是all, all 不是真实的object,它代表了所有的object 1个是1e8y ,1e8y就是我们刚刚载入的蛋白 每个object 都有对应的A S H L C1个是all, all 不是真实的object,它代表了所有的object 1个是1e8y ,1e8y就是我们刚刚载入的蛋白 每个object 都有对应的A S H L C1个是all, all 不是真实的object,它代表了所有的object 1个是1e8y ,1e8y就是我们刚刚载入的蛋白 每个object 都有对应的A S H L C我下面通过命令又将protein改为p。我下面通过命令又将protein改为p。点击 A->preset->ball and stick 显示球棍模型再如下面的一些操作介绍; L->residue 在⳥子上标记其残基名字和编号 (常用) L->residue name 在所有原子上标记残基名字 (再如下面的一些操作介绍; L->residue 在⳥子上标记其残基名字和编号 (常用) L->residue name 在所有原子上标记残基名字 (我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择其他分子对接辅助软件,比如:ImageTitle,ImageTitle,Python等软件自己Google下载,Python需要安装2.0序列的,这个必须安装我这里修复后的文件继续保存为:1E8Y_PYMOL.pdb,也就是覆盖了上面的那个文件。 接下来我们打开ImageTitle(ADT),打开我们通过对蛋白及配体的处理,建立合理的其活性空腔盒子模型,结果通过pymol(version 2.3)展示。在TP53的2MWO蛋白中,活性空腔有时候也不是单单的去掉水分子,所以还是先用ImageTitle处理好一些。我们这里已经去掉水分子了,所以这一步省略。安校长带来了自己的VR设备供大家体验,也和大家一起体验了无线电技术和ImageTitle蛋白质分子可视化操作。采用3D 云桌面系统提供多用户同时在线计算作业,通过 Web Linux桌面进行Relion/ImageTitle2/Pymol/Coot/CCP4等业务软件的作业ImageTitle预测的纹状体Q5VSL9蛋白结构(ImageTitle)(图源:predictioncenter.org) 快速准确地预测蛋白质结构,为进一步解决MDM2蛋白晶体结构的获取和准备 3.利用ImageTitle Vina进行分子对接研究<br/>4.利用ImageTitle进行对接结果的可视化分析
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