当前位置：网站首页 » 热点 » 内容详情

二代测序最新视觉报道_二代测序技术原理及流程(2024年12月全程跟踪)

内容来源：麦吉窗影视所属栏目：热点更新日期：2024-11-29

二代测序

酵母筛库：一场耐心的基因寻找之旅 𐟌𑊥œ詅𕦯双杂筛库的探索中，我们采取了分步转化的策略，期待能逐步揭开基因的神秘面纱。𐟔 经过一番努力，我们发现了大约30-40个变蓝的菌落，这让我们充满期待。我们送去了20个菌落进行测序，结果令人惊讶，15个菌落竟然指向了同一个基因。𐟘与此同时，我们也在进行mating筛库的实验。在三缺板上，我们观察到了30-50多个菌落的出现，这让我们兴奋不已。我们用这些菌落在四缺板上划线，希望能找到更多的单菌落。𐟌𑠧„𖨀Œ，出乎意料的是，不到三个小时，这些菌落就变蓝了，这让我们开始怀疑这些蓝色菌落是否与之前测序得到的15个菌落有关。尽管如此，我们还是决定对所有蓝色菌落进行测序，这可能会花费我们3000-4000大洋。𐟒𘠦ˆ‘们相信，通过这次筛选，我们能更接近找到那些重要的基因。有没有人曾经对所有单菌落进行过二代测序？我们想知道，这样的实验是否真的有必要，以及这样的实验会带来怎样的结果。𐟤” 我们期待着这次筛库之旅的最终结果，希望能从中获得更多关于酵母基因的宝贵信息。𐟌Ÿ

肺部积液+痰栓，纤支镜检测值不值？肺部积液加上痰栓，医生建议做纤支镜检测，费用1500元自费，有必要吗？以下是详细信息：纤支镜检测：通过纤支镜将痰栓取出，并进行相关检测。费用：1500元自费。检测内容：宏基因二代测序、结核xpert检查等。送检机构：成都市某实验室。取样时间：当天15点前。结果时间：第二天上午出结果。其他检测项目：结核xpert检查费用780元，结核pv检查费用700元。通过这些信息，您可以更好地了解纤支镜检测的必要性，并根据个人情况做出决定。

ChIP-seq揭秘TF结合位点 ChIP-seq，全称染色质免疫沉淀-测序，是一种用于寻找特异性转录因子（TFs）结合位点的强大工具。它的实验过程可以分为以下几个步骤： 1️⃣ 固定连接：通过甲醛（formaldehyde）稳定蛋白质与DNA之间的连接，形成DNA-蛋白质交联。 2️⃣ 超声波裂解：在裂解缓冲液中，通过超声波分解与蛋白质结合的DNA。 3️⃣ 抗体纯化：加入特定的抗体，该抗体与磁性珠子结合，形成抗体-蛋白质-DNA复合物，并通过离心收集复合物。 4️⃣ 酶解分离：使用蛋白酶K（protease K）去除DNA和蛋白质之间的结合，然后对提取的DNA进行二代测序。在数据分析方面，ChIP-seq的流程如下： Fastq数据质控：去除adapter并进行质控。比对基因组：将Fastq文件比对到基因组上，生成Bam文件。排序和去重：对Bam文件进行排序并去除重复序列。寻找peaks并注释：寻找peaks并进行注释。差异peaks计算：计算差异peaks并寻找其motif。可视化：将结果进行可视化展示。 ChIP-seq的优势包括：能够捕获整个基因组的转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点。定义转录因子结合位点。结合RNA测序和甲基化分析，揭示基因调控网络。然而，它也有一些局限性：需要为每个转录因子（TF）制备抗体。已知TF是必需的。 ChIP实验无法区分不同TF亚型（蛋白质亚型）。 ChIP-seq的应用范围非常广泛，包括：寻找已知TF的结合位点。通过Motif in all peaks，寻找TF结合的motif。比较不同细胞中同一蛋白的peaks。通过这些步骤和分析方法，ChIP-seq为研究基因调控和转录因子结合位点提供了强大的支持。

实验外包：你真的了解吗？𐟤” 实验外包其实是个挺普遍的现象，尤其是在实验室里，不是所有的实验都能自己搞定。比如，二代测序、转录组、蛋白质组学或者单细胞测序这些高大上的实验，基本上都是同学把样本准备好，送到我们这种公司去做，然后我们把数据返给他们，通常还会附带分析。𐟓Š 还有一种情况是自己实验室能做，但交给公司做更划算。比如病理学实验，自己取了组织后，如果自己处理，得买一大堆东西。而交给公司，他们不仅帮你做成蜡块或者切好，甚至有的实验室连克隆都是我们做的。𐟒𐊊最重要的一点是：实验外包并不违反学术道德！所以，有需要的同学可以放心联系我们。𐟔찟“쀀

𐟔 全外显子检测结果解析 𐟧슧퉥𞅤𚆤𘀤𘪦œˆ，终于迎来了全外显子检测的结果。𐟓… 检测显示有6个变异，其中1个被认定为致病性。𐟘㠩—传科医生表示没有问题，但我们的心情依然有些焦虑。𐟘Ÿ 为了求个心安，我们还进行了羊穿检查，结果却更加令人担忧。𐟘⊊胎儿的CNV结果没有问题，染色体核型为46，XN，inv(9)(12q13)。𐟧젦ˆ‘们也进行了染色体抽血化验，以确认是否遗传。𐟒‰ 原本希望通过羊穿得到更多信息，但结果却让我们更加困惑。检测报告中提到了一些罕见变异，这些变异可能与某些临床症状相关，但具体的病性证握不够充分。𐟓 二代测序的结果显示，目标区域的平均深度和覆盖度都超过了99%，这表明检测的质量是可靠的。𐟔 在考虑是否需要进一步咨询上级医院时，我们感到非常困惑。𐟤” 有懂行的姐妹能帮忙看看这些结果吗？𐟑�𛻤𝕥𛺨ˆ–意见都将对我们有所帮助。𐟌Ÿ

二代测序比对软件大比拼：哪款最适合你？今天我们来聊聊二代测序中常用的三款比对软件，它们在科研工作中各有千秋。 BWA：经典与现代的结合 𐟏† BWA（Burrows-Wheeler Aligner）是一个早期的比对工具，提供了三种不同的算法：BWA-MEM（用于单端和双端测序数据的全局比对）、BWA-SW（用于长读长的局部比对）、BWA-BACKTRACK（用于较短的reads）。你可以根据自己的需求选择合适的算法。虽然我个人使用频率不高，但它确实是经典中的经典。论文：Li, H., & Durbin, R. (2009). Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics, 25(14), 1754-1760. Bowtie2：高效与准确的代表 𐟚€ Bowtie2采用了一种叫做“比对树”的索引结构，实现高效的比对。它支持单端和双端测序数据的全局比对，也可以进行局部比对，速度较快，对比准确率也较高。不过，它没有处理剪切位点的功能，因此不适合用来转录组的比较。我个人一般在染色质测序数据（如ChIP-seq、ATAC-seq等）的比对中使用。论文：Langmead, B., & Salzberg, S. L. (2012). Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods, 9(4), 357-359. STAR：转录组的得力助手 𐟌Ÿ STAR主要用于比对转录组测序数据，可以处理RNA-seq数据中的剪切事件，也能自动处理adapter。它功能丰富，比如可以直接输出gene counts，对bam排序等。如果你使用服务器且内存条件较好，它可以并行处理加快速度。如果你想用它比对染色质数据，在建立index时不要使用GTF，就不会考虑剪切事件，就可以应用在染色质比对数据上。论文：Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., ... & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15-21. 总结 𐟓 在平时的使用中，我个人会选择Bowtie2来处理染色质相关的比对，而STAR则是转录组比对的首选。希望这些信息能帮助你在选择比对软件时做出更明智的决策！

什么是ChIP-seq？一文带你搞懂！ 𐟧젤𛀤𙈦˜IP-seq？ ChIP-seq其实是个组合拳，包括染色质免疫共沉淀（ChIP）和二代测序（seq）。简单来说，ChIP是用来研究蛋白质和DNA之间相互作用的技术，而ChIP-seq则是通过二代测序来分析这些相互作用。这个技术主要有两大类应用：转录因子（TF）的ChIP-seq和组蛋白（Histone）的ChIP-seq。转录因子的ChIP-seq 转录因子是那些能结合到基因上游特定序列上的蛋白质。它们就像反式作用因子，和真核基因的顺式作用元件（比如启动子、增强子）相互作用，从而激活或抑制基因的转录。所以，转录因子的ChIP-seq主要是用来确定这些蛋白质是否结合到特定的基因组区域，比如启动子或其他DNA结合位点。组蛋白的ChIP-seq 组蛋白的ChIP-seq则主要是用来研究组蛋白修饰的情况。组蛋白是染色质的基本组成部分，它们的N端有一段富含赖氨酸和精氨酸的“尾巴”，这些尾巴上的氨基酸可以被各种修饰酶催化添加各种修饰基团，比如磷酸化、甲基化、乙酰化和泛素化等。这些修饰对基因表达的调控非常重要。在组蛋白修饰中，甲基化和乙酰化是最常见的两种修饰。比如，H3K4me3、H3K36me3、H3K79me3等甲基化修饰通常激活转录，而H3K9me3、H3K27me3等甲基化修饰则抑制转录。通过组蛋白特异性抗体，我们可以将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来，然后通过测序来获取组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定这些修饰相关的特定位点和修饰酶类的靶标。结语 ChIP-seq技术在表观遗传学研究中有着非常重要的作用。无论是转录因子的研究还是组蛋白修饰的研究，这个技术都能提供非常宝贵的数据。如果你也在做相关的实验，不妨考虑一下这个强大的工具吧！

DeepTools：全能测序分析 DeepTools是一个专为二代测序数据设计的Python工具集，适合研究人员进行数据处理、可视化和分析。它支持多种类型的测序数据，包括ChIP-seq、RNA-seq和ATAC-seq。以下是DeepTools的主要功能和特点：数据处理 𐟓ˆ DeepTools提供数据预处理功能，如排序、索引、过滤和修剪测序数据，以确保数据质量和一致性。数据可视化 𐟎芄eepTools配备了多种可视化工具，包括热图生成、核苷酸分布绘制、染色体轨迹绘制和分布曲线绘制，帮助用户更好地理解实验数据。质量控制 𐟛 ️ DeepTools可以评估测序数据的质量，进行GC含量分布、Nucleosome分析、PCR扩增偏差和唯一性分析等，以便在后续分析中排除不良样本。差异分析 𐟔 DeepTools提供基因表达差异、染色质可及性差异和峰检测等工具，帮助研究人员识别基因或染色质上的差异性信号。统计分析 𐟓Š DeepTools包含一系列统计工具，用于计算和比较各种测序数据的统计指标，以支持实验结果的统计显著性分析。可扩展性 𐟌 DeepTools具有高度可扩展性，能够处理大规模的HTS数据集，并支持多线程处理以提高分析效率。用户友好 𐟘Š DeepTools的命令行界面非常友好，还提供了详细的文档和示例，使用户能够轻松地进行数据分析。 DeepTools不仅功能全面，而且使用起来非常方便，是二代测序数据分析的理想选择。

全外显子组测序：技术优势与样品准备指南 𐟌Ÿ全外显子组测序（whole exome sequencing, WES）是一种利用序列捕获技术捕捉并富集全基因组外显子区域的DNA，然后进行高通量测序的基因组分析方法。WES主要用于遗传病检测，因为外显子组仅占基因组的2%，却包含约85%的致病突变。 𐟔WES的优势高准确性：WES的准确性远高于二代测序，被视为测序行业的“金标准”。高覆盖度：能够一次性分析SNV、INDEL、CNV、SV、FUSION等与疾病密切相关的变异。经济高效：相比全基因组测序，WES检测目标区域明确，更加经济有效。快速便捷：分析速度快且容易，对计算机配置要求较低。 𐟧ꦠ𗥓准备新鲜组织：一般从手术台切下来的组织要求在50-100mg，可保存于RNAlater或低于-80度的环境中。如果是保存在RNAlater中，可室温运输，其他选择干冰运输。 FFPE组织：Formalin-Fixed Paraffin-Embedded（FFPE），即石蜡包埋组织，做成切片，厚度要求在5-10um之间，组织面积不小于1平方厘米，并且HE染色显示肿瘤细胞比例不低于50%，做好的切片不低于10张。血浆：一般血浆在3-4ml，为避免反复冻融，分装在3-4个1.5ml离心管中，常用于提取ctDNA（循环肿瘤DNA），含量不能低于20ug，采取干冰或者冰袋运输即可。外周血：一般外周血体积在6-8ml，EDTA抗凝管（紫色盖），80℃保存，采取干冰或者冰袋运输即可。穿刺组织：一般样本直径1-2mm，长度不短于0.5cm，可保存于RNAlater或低于-80度的环境中，如果是保存在RNAlater中，可室温运输，其他选择干冰运输。 𐟓ŠWES产生VCF的过程样本获取DNA，建库上机测序。将bcl文件转为fastq文件。 fastq文件质控。 fastq文件转bam文件。 bam文件质控。利用bam文件开始variant calling。通过数据库过滤VCF。对过滤之后的VCF进行注释分类。对处理之后的VCF关联疾病注释数据库。关联用药注释数据库，报告最后的突变。 𐟌测序技术发展第一代测序技术：准确性高，但通量低，成本高。第二代测序技术：通量高，成本低，但PCR过程中可能引入错误。第三代测序技术：单分子测序，理论上可测定无限长度核酸序列，但目前技术尚未完全成熟。

Sanger测序：经典与现代的结合 𐟔Sanger测序，又被称为双脱氧链终止法，是一种由Frederick Sanger在1977年发明的经典DNA测序方法。因其高精度和在小规模测序项目中的广泛应用，至今仍被许多实验室所青睐。 𐟔쥟𚦜쥎Ÿ理：构建反应系统：Sanger测序包括四个独立的反应，每个反应都包含所有四种脱氧核苷酸三磷酸（dNTP），并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸（ddNTP）。ddNTP缺乏延伸所需的3-OH基团，因此当它们被DNA聚合酶掺入到正在合成的DNA链中时，会导致链的延伸在特定的碱基处终止。扩增目的片段：以目的片段为模板，在DNA聚合酶的催化下，从引物处起始开始复制DNA。当遇到ddNTP时，反应停止，产生一系列不同长度的DNA片段，每个片段的终止点由ddNTP决定。凝胶电泳：将这些终止的DNA片段通过高分辨率变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）进行分离。由于凝胶对不同长度的DNA片段有不同的迁移速度，因此可以通过电泳将它们分开。序列读取：电泳后，通过检测凝胶上的荧光信号或放射自显影，可以读取DNA的碱基序列。每个ddNTP都有不同的荧光标记，因此可以通过荧光信号的不同来确定每个片段的终止碱基。 𐟓š应用领域： 𐟧짼–辑验证：用于验证CRISPR和TALEN等基因编辑技术的准确性。 mRNA制造质量控制：在mRNA疗法和疫苗生产中，用于序列确认。二代测序确认：作为正交方法，用来确认二代测序（NGS）鉴定的变异。微生物鉴定：通过16S rRNA Gene的Sanger测序进行微生物鉴定。 Sanger测序以其高准确性和可靠的结果，仍然是许多实验室和小规模研究的首选技术。尽管新一代测序技术在通量和速度上有所超越，但Sanger测序在特定应用中仍然不可替代。

专栏内容推荐

1080 x 746 · png
一文掌握二代测序NGS！|基因|测序|序列|长度|样本|-健康界
素材来自:cn-healthcare.com
848 x 1423 · png
二代测序方法：DNA测序之靶向重测序_靶向二代测序-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net

1080 x 810 · jpeg
二代测序原理及其流程_二代测序的原理及步骤-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
720 x 646 · jpeg
二代测序原理及其流程_二代测序的原理及步骤-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net

1080 x 810 · jpeg
二代测序原理及其流程_二代测序的原理及步骤-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
978 x 1000 · jpeg
一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法与流程
素材来自:xjishu.com

830 x 696 · png
二代测序方法：DNA测序之靶向重测序_靶向二代测序-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
600 x 785 · png
基因测序2——二代测序各技术平台原理及市场解读 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

800 x 600 · jpeg
测序技术 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
600 x 259 · png
二代测序（NGS，next generation seqence）
素材来自:qitaijk.cn

687 x 670 · png
DNA测序技术发展史：一代、二代、三代测序技术简要原理及比较_华大基因的二代测序方法是什么-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
2560 x 1600 · jpeg
二代测序仪 - DNA - 产品中心 - 上海诚明融鑫科技有限公司
素材来自:cm-rx.com

1080 x 822 · jpeg
【基础知识】什么，你都还不懂测序？（2）第二代测序|测序|知识|基础|纳米球|片段|技术|测序法|视频|-健康界
素材来自:cn-healthcare.com
1211 x 747 · png
一代测序+二代测序+三代测序_擎科测序测通需要参考序列-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net