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癌症核糖体生物发生的基因组标志和治疗靶点 核糖体生物合成(RiboSis)是一个复杂的过程,负责产生细胞生长和增殖所需的核糖体。这个过程包括rRNA转录、rRNA剪切、rRNA修饰、核糖体组装和核糖体前体的输出。在恶性细胞中,参与RiboSis每个子步骤的基因会发生体细胞改变,导致核糖体病和增加致癌风险。越来越多的证据表明,过度活跃的RiboSis助长了不受限制的细胞生长和增殖,并已成为癌症发生和转移的中心角色。通过RiboSis失调适应的核仁大小和数量的异常增加被认为是绝大多数癌症的标志。 然而,在癌症中有效且特异性地量化RiboSis活性的计算方法仍然缺乏。该研究的目的是确定RiboSis在癌症中的基因组标志和治疗靶标。 研究思路 定义RiboSis基因集:首先,通过定义包含331个基因的RiboSis相关基因集,分析CRISPR/RNAi筛选数据,量化了癌细胞增殖中对核糖体的需求。 癌症遗传依赖性分析:利用scRNA-seq数据分析,评估了癌症遗传依赖性。 基因组改变的标志:通过ROC分析和生存分析,识别了差异表达基因。 药物开发水平的特征:利用MetaVolcanoR软件包执行多数投票元分析,识别在多种癌症类型中一致性失调的RiboSis基因。 药物反应分析:使用Wilcoxon秩和检验等统计方法,比较不同组织中RiboSis活性的差异,并确定统计学上的显著性。 主要结果 系统评估核糖体生物合成活动:开发了一种计算方法,量化了癌细胞增殖中对核糖体的需求。 核糖体生物合成活动在人类癌症中过度活跃:特别是在恶性细胞中,RiboSis基因发生高拷贝数扩增。 基于RiboSis基因的治疗靶标特征:识别了基于RiboSis基因的治疗靶标。 针对癌症中核糖体生物合成的假定药物:开发了针对癌症中核糖体生物合成的药物。 通过这些研究,我们希望能够更好地理解癌症的发生和发展机制,并为癌症的治疗提供新的思路和方法。
SPSS数据分析服务:金融、医学全覆盖 数据清洗、分析到可视化:我们提供全方位的数据处理服务,包括数据清洗、数据分析和结果可视化(绘图)。 描述性分析:我们擅长处理队列研究、横断面研究和面板数据,进行t检验、方差分析(多因素方差分析和重复测量方差分析),以及卡方检验和秩和检验。 多因素分析:我们提供多因素logistic回归分析、因子分析,以及预测模型、结构方程模型和中介效应分析。 高级分析方法:我们掌握广义估计方程、广义相加混合效应模型、限制性立方样条和cox回归模型等高级分析方法。 可视化工具:我们能够制作列线图和ROC曲线,帮助您更直观地理解数据。 젧分析:我们还提供CVF数据转化合并、基因多态性关联分析和连锁不平衡分析等特殊分析服务。
生信肿瘤研究:常见思路与技巧 生信分析在肿瘤研究领域有着广泛的应用,涵盖了从数据挖掘到临床预测模型的构建等多个方面。以下是一些常见的生信肿瘤研究思路和方法: 生信前期分析:包括实验设计、分析以及结果解读,指导实验方向,涵盖单基因泛癌、单基因单癌、单细胞测序以及多基因预后模型(如LASSO回归建模)等。 临床数据应用:通过临床数据构建预测模型,并绘制ROC曲线、校准曲线和DCA曲线,以评估模型的性能。 蠧信绘图:提供多种图表绘制服务,包括热图、火山图、PCA图、ESTIMATE、通路图(富集分析)、差异分析火山图、气泡图、森林图等。 分子对接与网络药理学:通过分子对接和网络药理学方法筛选药物,为肿瘤治疗提供新的思路。 这些方法在肿瘤研究中相互结合,能够为科研人员提供全面的技术支持和数据分析服务。
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